Programme transversal GOLD : GenOmics variability in heaLth & Disease

GOLD en bref 

• Le Programme transversal Variabilité génomique a fait l’objet d’un appel à projet lancé en mars 2018
• La réunion de lancement a eu lieu à Brest les 3 et 4 novembre 2019. 
• La  réunion annuelle de 2020 s'est tenue le 3 novembre en visioconférence

→ Contact : contact.ptvg-gold@inserm.fr

Quatre défis

Collecter les données

Le premier défi est la collecte de données et l’accessibilité aux données phénotypiques et génotypiques sur les mêmes individus. Ce programme abordera cette question en mettant un accent particulier sur les données longitudinales disponibles dans la cohorte Constances (Workpackage 1 ou WP1).

Développer de nouvelles méthodes

Le deuxième défi est méthodologique, il vise à développer de nouvelles méthodes puissantes et innovantes pour intégrer les informations de phénotypes longitudinaux dans les analyses génétiques. Ces développements s’appuieront sur les différents outils et stratégies déjà mises en œuvre par les différentes équipes (Workpackage 2 ou WP2).

Évaluer la pertinence biologique des résultats statistiques

Le troisième défi consiste à évaluer la pertinence biologique des résultats statistiques et à mettre au point des méthodes rentables en termes de coût et de temps pour le  criblage fonctionnel (Workpackage 3 ou WP3).

Intégrer l’analyse des données génétiques et phénotypiques

Un dernier défi consiste à développer des solutions pour l’analyse intégrée des données génétiques et phénotypiques et la mise en place d’une plateforme dédiée permettant d’interroger le rôle des variants génétiques dans divers phénotypes. Cette plate-forme sera à terme intégrée dans le CAD (Collecteur Analyseur de Données) et ouverte aux équipes extérieures à GOLD pour répondre à leurs questions de recherche (Workpackage 4 ou WP4).

Les équipes impliquées

* Equipe partenaire

Organisation des Workpackages (WP) 

WP0 : Gestion de projet

Le but de ce module de travail est d’assurer la coordination, la gestion administrative et la promotion du projet ainsi que la coordination avec le projet POPGEN qui produira les données de séquençage.

WP1 : Phénotypes en coordination la cohorte Constances

Les objectifs généraux de ce programme de travail sont :

1. Identifier les phénotypes appropriés qui peuvent être étudiés à l’aide des données du projet POPGEN ;
2. Développer et utiliser des stratégies de recherche appropriées tirant partie des données génétiques générées par le projet POPGEN ainsi que d'autres données disponibles provenant de la cohorte Constances ou d'autres sources.

WP2 Développements méthodologiques pour l'analyse des données génomiques

Ce Workpackage portera d'abord sur les études d'association génétique et le développement de méthodes nouvelles et puissantes pour trouver des variants de gènes associés à une maladie et en déduire un lien de causalité.

Une seconde partie du WP sera consacrée à l'interprétation de l'effet de multiples types de variants génétiques, tant au niveau de l'expression des gènes que des interactions entre protéines. La dernière partie du groupe de travail mettra en œuvre les meilleures pratiques en matière de gestion de données et de développement de logiciels.

WP3 L’interprétation fonctionnelle des variants génétiques, des modèles cellulaires et des essais cellulaires sera dédiée à :

1. L’élaboration de modèles cellulaires axés sur les cultures neuronales primaires et les cardiomyocytes (hiPSC-CM) ;
2. L’élaboration de méthodes à haut débit pour l'analyse simultanée d'un grand nombre de variants génétiques ;
3. L'évaluation fonctionnelle des variants mitochondriaux ;
4. L'identification à haut débit et la caractérisation fonctionnelle d'éléments régulateurs distants ;
5. La génération d'un grand ensemble de données expérimentales pour valider les algorithmes prédictifs des effets d’insertion d’éléments transposables introniques sur l’expression et la structure des gènes ;
6. La génération de grands ensembles de données permettant d’évaluer l’effet des variants ponctuels sur l’épissage des séquences auxiliaires et d’optimiser les algorithmes de prédiction.

WP4 Intégration de données et plateforme GOLD

Ce WP a pour objectif de développer un cadre pour l'intégration des données génotypiques de milliers d'individus, leur interconnexion avec la base de données Constances et leur annotation à plusieurs niveaux.

Interactions entre les Workpackages