Programme transversal GOLD : GenOmics variability in heaLth & Disease

Gold Summary – English version (pdf) 


Depuis novembre 2019, le programme transversal de l’Inserm sur le la variabilité génomique en matière de santé et de maladies réunit des spécialistes de l’analyse des données génomiques aux expertises complémentaires en épidémiologie génétique, génétique statistique, bio-informatique et génomique fonctionnelle. Les équipes du programme GOLD (E0-E13) entendent relever les défis de l'analyse des données génomiques pour comprendre le rôle joué par les gènes dans le développement et la progression des maladies.



GOLD en bref 

  • Le Programme transversal Variabilité génomique a fait l’objet d’un appel à projet lancé en mars 2018
  • La réunion de lancement a eu lieu à Brest les 3 et 4 novembre 2019. 
  • La prochaine réunion annuelle se tiendra à Nantes en Novembre 2020

→ Contact : contact.ptvg-gold@inserm.fr




Quatre défis

Collecter les données

Le premier défi est la collecte de données et l’accessibilité aux données phénotypiques et génotypiques sur les mêmes individus. Ce programme abordera cette question en mettant un accent particulier sur les données longitudinales disponibles dans la cohorte Constances (Workpackage 1 ou WP1).

Développer de nouvelles méthodes

Le deuxième défi est méthodologique, il vise à développer de nouvelles méthodes puissantes et innovantes pour intégrer les informations de phénotypes longitudinaux dans les analyses génétiques. Ces développements s’appuieront sur les différents outils et stratégies déjà mises en œuvre par les différentes équipes (Workpackage 2 ou WP2).

Évaluer la pertinence biologique des résultats statistiques

Le troisième défi consiste à évaluer la pertinence biologique des résultats statistiques et à mettre au point des méthodes rentables en termes de coût et de temps pour le  criblage fonctionnel (Workpackage 3 ou WP3).

Intégrer l’analyse des données génétiques et phénotypiques

Un dernier défi consiste à développer des solutions pour l’analyse intégrée des données génétiques et phénotypiques et la mise en place d’une plateforme dédiée permettant d’interroger le rôle des variants génétiques dans divers phénotypes. Cette plate-forme sera à terme intégrée dans le CAD (Collecteur Analyseur de Données) et ouverte aux équipes extérieures à GOLD pour répondre à leurs questions de recherche (Workpackage 4 ou WP4).




Les équipes impliquées


Numéro

Responsable

Unité

E0

Emmanuelle Génin

UMR1078

E1

Simone Benhamou

UMR1018

E2

Christophe Béroud

UMR1251

E2b*

Anaïs Baudot

UMR1251

E3

Gaël Cristofari

UMR1081

E4

Anne-Sophie Jannot

UMR1138

E4b*

Agathe Guilloux

UMR8071

E5

Frédéric Laumonnier

UMR1253

E6

Gérald Le Gac

UMR1078

E7

Anne-Louise Leutenegger

UMR1141

E8

Vincent Procaccio

UMR1083

E8b*

Yves Roquelaure

UMR1085

E9

Richard Redon

UMR1087

E10

Pascal Rihet

UMR1090

E11

Hugues Roest-Crollius

UMR1024

E12

Gianluca Severi

UMR1018

E13

David-Alexandre Tregouet

UMR1219

E13b*

Pierre-Emmanuelle Morange

UMR1263

Constances

Marie Zins

UMS011

* Equipe partenaire





Organisation des Workpackages (WP

WP0 : Gestion de projet

Le but de ce module de travail est d’assurer la coordination, la gestion administrative et la promotion du projet ainsi que la coordination avec le projet POPGEN qui produira les données de séquençage.

WP1 : Phénotypes en coordination la cohorte Constances

Les objectifs généraux de ce programme de travail sont :

  1. Identifier les phénotypes appropriés qui peuvent être étudiés à l’aide des données du projet POPGEN ;
  2. Développer et utiliser des stratégies de recherche appropriées tirant partie des données génétiques générées par le projet POPGEN ainsi que d'autres données disponibles provenant de la cohorte Constances ou d'autres sources.

WP2 Développements méthodologiques pour l'analyse des données génomiques

Ce Workpackage portera d'abord sur les études d'association génétique et le développement de méthodes nouvelles et puissantes pour trouver des variants de gènes associés à une maladie et en déduire un lien de causalité.

Une seconde partie du WP sera consacrée à l'interprétation de l'effet de multiples types de variants génétiques, tant au niveau de l'expression des gènes que des interactions entre protéines. La dernière partie du groupe de travail mettra en œuvre les meilleures pratiques en matière de gestion de données et de développement de logiciels.

WP3 L’interprétation fonctionnelle des variants génétiques, des modèles cellulaires et des essais cellulaires sera dédiée à :

  1. L’élaboration de modèles cellulaires axés sur les cultures neuronales primaires et les cardiomyocytes (hiPSC-CM) ;
  2. L’élaboration de méthodes à haut débit pour l'analyse simultanée d'un grand nombre de variants génétiques ;
  3. L'évaluation fonctionnelle des variants mitochondriaux ;
  4. L'identification à haut débit et la caractérisation fonctionnelle d'éléments régulateurs distants ;
  5. La génération d'un grand ensemble de données expérimentales pour valider les algorithmes prédictifs des effets d’insertion d’éléments transposables introniques sur l’expression et la structure des gènes ;
  6. La génération de grands ensembles de données permettant d’évaluer l’effet des variants ponctuels sur l’épissage des séquences auxiliaires et d’optimiser les algorithmes de prédiction.

WP4 Intégration de données et plateforme GOLD

Ce WP a pour objectif de développer un cadre pour l'intégration des données génotypiques de milliers d'individus, leur interconnexion avec la base de données Constances et leur annotation à plusieurs niveaux.

Interactions entre les Workpackages

 

 

 

AMI 2020 : maladies rares

L’Inserm et Aviesan lancent un appel à manifestation d’intérêt pour identifier les équipes-projets qui souhaitent se consacrer aux personnes atteintes de maladies rares sans diagnostic précis.

Date limite de candidature : 29 juin 2020

En savoir plus

 

 

 

 

 

L’institut coordonne les réflexions et les recherches dans les domaines suivants :

  •  bioinformatique, création de plateformes intermédiaires aux centres nationaux existants adossées aux plateformes de séquençage massif,
  •  diversité génomique, maladies rares, génomique des populations, métagénomique, évolution,
  •  génétique moléculaire, régulation génétique : de la transcriptomique à l’épigénétique,
  •  dynamique du génome, éléments transposables, mutations,
  •  génétique quantitative, maladies multifactorielles, maladies rares, traits complexes.

 
L’institut Génétique, génomique, bioinformatique assure une transversalité interdisciplinaire avec tous les instituts thématiques multiorganismes.


 

 

Les orientations stratégiques :

 

 

 

Directeurs : Catherine Nguyen (Inserm), Christian Muchardt (CNRS) 

Directrice adjointe en charge des maladies rares : Christel Thauvin (Univ. Bourgogne - CHU Dijon) pour le Suivi du PNMR3 et Interface PFMG-PNMR3

Chargées de mission : cartographie des maladies rares Pascale Cohen (université Lyon 1), génétique médicale Françoise Pulcini (Inserm), Estelle Mottez (Inserm)

Assistante administrative : Fania Rakoto Arivao (Inserm)

Adjointe à la direction déléguée à la coordination du programme EJP RD (programme européen conjoint sur les maladies rares) : Daria Julkowska (Inserm)

Chargés de projets : génétique Carla d'Angelo (Inserm), génétique et oncologie Juliane Halftermeyer (Inserm Transfert), essais cliniques Yanis Mimouni (Inserm), immunologie Galliano Zanello (Inserm)

Assistante d’équipe : Katerina Tzima (Inserm)

Chargé de communication : Tanguy Onakoy (Inserm)

Contact Aviesan ITMO GGB : iggb@aviesan.fr

Comité d'experts :  Laurent ABEL (Inserm, Paris), Serge AMSELEM (Inserm, Paris), Anaïs BAUDOT (Université Aix-Marseille), Christophe BEROUD (Inserm, Marseille), Jamel CHELLY (Université, Illkirch), Mark COCK (CNRS, Roscoff), Jean-François DELEUZE (CEA, Évry), Bernard DE MASSY (CNRS, Montpellier), Claude FEREC (Inserm, Brest), Emmanuelle GENIN (Inserm, Brest), Philippe GLASER (Institut Pasteur, Paris), Marc HANAUER (Inserm, Paris), Édith HEARD (CNRS, Paris), Cécile JULIER (Inserm, Paris), Stanislas LYONNET (Inserm, Paris), Claudine MÉDIGUE (CNRS, Évry), Hadi QUESNEVILLE (INRA, Versailles), Lluis QUINTANA-MURCI (Institut Pasteur, Paris), Ana RATH (Inserm, Paris), Hugues ROEST-CROLLIUS (CNRS, Paris), Élisabeth TOURNIER-LASSERVE (Inserm, Paris), Hélène TOUZET (CNRS, Lille), Chantal VAURY (CNRS, Clermont-Ferrand), Jacques VAN HELDEN (Université Aix-Marseille), Jonathan WEITZMAN (Université Aix-Marseille), Michel WERNER (CEA, Paris)

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